Não sei se o UP altera.
Minha sugestão é que para atenuar essa diferença de poderes o UP não influenciasse no HP dos pokés.
Exemplo:
Poké capturado: HP 10.000
stats
ATK 130
DEF 80
SPD 60
SP.ATK 110
SP.DEF 50
Poké com 45 UPS: HP 10.000
stats
ATK 190
DEF 120
SPD 90
SP.ATK 140
SP.DEF 80